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基督教与天主教不同之处，最重要的有下列数点：
（一）基督教以圣经为信仰与生活之唯一准则，而天主教除圣经以外，尚以教会之传统、学说、教论、习惯，及次经为准则。而且其传统常常有与圣经互相冲突之处。
（二）基督教认为按照圣经所言，人人可以籍耶稣基督直接与上帝相交，但天主教设立了中间阶级，例如信徒必须向神甫认罪，而不能直接向上帝认罪。又如信徒必须向死去的圣徒或圣母祈祷，请他们转达上帝。明显与圣经的教训相违背。天主教的“教皇”制度，在圣经并无根据。
（三）基督教认为马利亚是可尊敬的圣母，但她只是耶稣肉身之母。而天主教竟称呼她为“上帝之母”，把耶稣的肉身与神性混淆为一。甚至使她在信徒的宗教生活中，占了比耶稣更重要的地位。更在数十年前新创了圣母升天的信条，毫无圣经的根据。
（四）基督教按照第二条诫命不拜任何偶像，而天主教的礼拜堂里却满了石像与纸像，他们不但拜马利亚，而且也拜死去的圣徒。
（五）基督教相信耶稣基督的赎罪之功，已经百分之百的完成了救恩，使每一个悔改相信的人，在死后立即与主耶稣同在。但天主教相信一般信徒死后要先后经过炼狱的痛苦。这是圣经所没有讲的。
（六）基督教主张政教分离，而天主教是一个具有政治性的宗教团体。
（七）基督教相信宗教自由，而天主教不但在过去的历史中迫害基督教徒，时至今日，仍然有这样的事屡次发生，例如葡萄牙、南美洲等处。